Проф. Здравко Попов е бил външнополитически съветник на президента д-р Желю Желев; член на Съвета по евроатлантическа и европейска интеграция към президента Георги Първанов.Шест години е президент на УНИЦЕФ България. Основател и директор на Дипломатическия институт към Министерството на външните работи (2003-2006). От 2005 г. до 2006 г. е национален представител в Направляващия комитет на Колежа по европейска сигурност и отбрана в Брюксел и член на борда на директорите на Института за изследвания на сигурността на ЕС в Париж. Извънреден и пълномощен посланик на Република България в Чешката република (2006-2010). Президент на Института за публична политика от 2012 година.